https://repositorio.uchile.cl/handle/2250/100035 Tesis Postgrado 2026-05-05T19:48:02Z https://repositorio.uchile.cl/handle/2250/198461 Asociación entre la capacidad de formación de biopelículas y la presencia de genes fimbriales y autotransportadores en aislados de escherichia coli productora de toxina shiga (STEC) obtenidas desde carne molida y heces de bovinos en Chile Jiménez Fernández, María Fernanda Escherichia coli productora de toxina tipo Shiga (STEC) puede causar brotes y casos aislados de diarrea, colitis hemorrágica y síndrome urémico hemolítico. La principal vía de transmisión es por consumo de alimentos y/o agua contaminados con la bacteria. STEC puede sobrevivir en el ambiente gracias a las biopelículas, cuyo desarrollo se ve favorecido debido a la expresión de genes fimbriales y autotransportadores. Estas biopelículas representan un gran desafío en la industria alimentaria y salud pública. Se seleccionaron 67 aislados STEC y se analizó su capacidad de formar biopelículas mediante ensayo en microplacas de poliestireno a 23°C y 37°C. Se determinó la presencia de los genes asociados a formación de biopelículas crl, csgA, csgD, ehaA, ehaB, espP, cah y flu desde los genomas de las cepas a través de alineamiento de la secuencia de cada gen con la secuencia completa del genoma de los aislados STEC. También se determinó la presencia de polimorfismos en la secuencia aminoacídica de los genes en los aislados. El 91% de los aislados (61/67) formaron biopelículas. El 73% (22/30) de los aislados de carne formaron biopelículas moderada a fuerte, versus el 59% (22/37) de los aislados de deposiciones de bovinos. Sin embargo, la capacidad de formación de biopelículas no dependió del origen de los aislados. El 100% de los aislados resultaron positivos a la presencia del gen crl, el 99% (66/67) para csgA, y csgD, 97% (65/67) para fimH y 94% para ehaA (63/67). El gen cah estuvo presente en 3% (2/67), el gen ehaB en 35% (52/67), y espP y flu en 61% (41/67) de los aislados. Mediante el coeficiente de Spearman (rho) se observó que a 23 °C solo el gen fimH mostró una asociación con la capacidad de formar biopelícula, pero no se observó asociación a 37°C. Además, no se observó asociación entre alelos específicos de las secuencias aminoacídicas y la capacidad de formar biopelículas para ningún gen. La capacidad de formar biopelícula de estos aislados y la falta de correlación con la presencia de genes fimbriales y autotransportadores sugiere que son necesarios mayores estudios que ayuden a comprender la complejidad de estas comunidades celulares.; Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) can cause outbreaks and isolated cases of diarrhea, hemorrhagic colitis and hemolytic uremic syndrome. The main route of transmission is through consumption of food and/or water contaminated with the bacteria. STEC can survive in the environment through biofilm formation. Biofilms prosper due to the expression of fimbrial and autotransporter genes. These biofilms represent a big challenge in the food industry and public health. We selected 67 STEC isolates to measure their biofilm formation ability by growth in polystyrene microplates at 23 ° C and 37 ° C. We determine the presence of genes associated with biofilm formation (crl, csgA, csgD, ehaA, ehaB, espP, cah and flu) by aligning the gene sequence with the complete sequence of the STEC genomes. The presence of polymorphisms in the aminoacidic sequence was also determined. Most of the isolates studied (61/67; 91%) were able to form biofilm. Seventy three percent (22/30) of the meat isolates formed moderate to strong biofilms versus 59% (22/37) of bovine fecal isolates. However, the biofilm formation capacity did not depend on the origin at any temperature. All isolates (100%) carried the crl gene, 99% (66/67) was positive to genes csgA and csgD, 97% (65/67) tested positive to fimH, and 94% to ehaA (63/67). The cah gene was present in 3% (2/67) of isolates while the ehaB gene was present in 35% (52/67). Finally, espP and flu were carried by 61% (41/67) of the isolates. At 23 ° C, only the fimH gene showed was linked to the isolate ability to form biofilm (Spearman coefficient (rho) analysis), and no correlation was observed at 37 ° C. In addition, specific amino acid sequence alleles did not associate with the ability to form biofilms for any gene. The ability to form biofilms of these isolates and the lack of association with the presence of fimbrial and self- transporter genes suggests that further studies are needed to better understand the complexity of these cellular communities. 2019-01-01T00:00:00Z https://repositorio.uchile.cl/handle/2250/191325 Detección de señales de selección a nivel genómico del salmón Chinook (Oncorhynchus tshawytscha) en Sudamérica, nueva Zelanda y Norteamérica Marín Nahuelpi, Rodrigo Ignacio Las invasiones biológicas son procesos complejos en los que intervienen dimensiones ecológicas, evolutivas, ambientales y sociales, y probablemente están mediadas por una combinación de alta presión de propagación, disminución de la resistencia biótica y antecedentes genéticos. La hipótesis de la "pre-adaptación" sugiere que un conjunto de genes no aleatorio provenientes de la población donante puede ser uno de los responsables de la capacidad de fundar nuevas poblaciones fuera de su área de distribución nativa. El éxito de la invasión y el establecimiento de poblaciones autosostenibles de salmón Chinook en distintos continentes constituye una importante oportunidad para poner a prueba esta hipótesis a nivel del genoma. En esta tesis, aprovechamos los recursos genómicos recientemente publicados para el salmón Chinook y pudimos identificar 4529 SNPs bi-alélicos de alta calidad que segregan entre las poblaciones nativas e invasoras contemporáneas para detectar señales de selección a nivel genómico en común entre todos los casos. Realizamos un escaneo del genoma para buscar loci atípicos mediante los programas PCAdapt y BayeScan, utilizando un modelo comparativo pareado que consideraba poblaciones nativas y no nativas donantes, incluyendo poblaciones provenientes de los Grandes Lagos, Nueva Zelanda y las poblaciones invasoras del oeste y este de Sudamérica. Utilizando parámetros conservadores se encontraron 2 valores atípicos comunes en los cromosomas 5 y 14 entre todas las comparaciones de ambos métodos. Los genes candidatos se identificaron buscando 500 kb río arriba y río abajo de cada SNP atípico, según su posición en el genoma de referencia del salmón Chinook (Otsh_v1.0). Los genes candidatos incluyen, entre otros, el Myo6, un importante gen previamente encontrado bajo selección, asociado a la resistencia a virus como el IPNv, y al crecimiento en el salmón atlántico; el LSAMP, un gen que se sugiere que regula la actividad exploratoria, la adaptación a nuevos entornos estresantes, el comportamiento de agresión y que se ha encontrado previamente bajo selección positiva en diferentes especies; el IGSF11, un gen que participa en el desarrollo de las células pigmentarias, promueve la migración y la supervivencia de las células del linaje melanóforo y media en el patrón de pigmentación de los adultos en el pez cebra. Pese a que es posible que exista un mayor número de marcadores genéticos realmente bajo selección no capturados en este trabajo, estos resultados apoyan la hipótesis de la "pre-adaptación", incluso cuando se utiliza una densidad de marcadores relativamente baja. Existe un pool de genes putativamente bajo selección positiva divergente entre los múltiples casos evaluados. Este trabajo constituye una primera aproximación para desentrañar las bases moleculares de la adaptación local y la capacidad de invasión del salmón Chinook. Los trabajos futuros deberían tener como objetivo la búsqueda de señales de selección utilizando métodos intrapoblacionales y una mayor densidad de marcadores, lo que podría ayudar a explicar el éxito de la colonización del salmón Chinook en todo el mundo; Biological invasions are complex processes involving ecological, evolutionary, environmental, and social dimensions, and are likely mediated by a combination of high propagule pressure, decreased biotic resistance and genetic background. The ‘pre-adaptation’ hypothesis suggests that a non-random, pre-adapted set of colonists from the donor population may be ultimately responsible for founding a new population outside their native range. The successful invasion and establishment of self-sustaining Chinook salmon populations to different continents constitute an important opportunity to test this hypothesis at genome level. Herein, we took advantage on recently published genome resources for Chinook salmon and were able to identify 4529 high quality bi-allelic SNPs segregating among contemporary native and invasive populations. We performed a genome scan to search for outlier loci using PCAdapt and BayeScan packages, using a paired model considering donor native and non-native populations, including Great Lakes, New Zealand, and western and eastern South America invasive populations. Using conservative parameters 2 common outliers were found at chromosomes 5 and 14 among all comparisons from both methods. Candidate genes were identified by searching 500 kb up and downstream from each outlier SNP, according to their position in Chinook salmon reference genome (Otsh_v1.0). Candidate genes include among others Myo6, an important gene previously found under selection, associated with resistance to viruses such as IPNv, and growth in Atlantic salmon; LSAMP, a gene suggested to regulate exploratory activity, adaptation to novel stressful environments, aggression behavior and previously found to be under positive selection in different species; IGSF11, a gene that participates in pigment cell development, promotes the migration and survival of melanophore lineage cells and mediates adult pigment pattern in zebrafish. There are likely more gene markers that do not follow a neutral pattern of evolution that were not assessable by this work, however these findings support the ‘pre-adaptation’ hypothesis, even when a relatively low marker density is used. This work constitutes a first approach to disentangle the molecular basis of the local adaptation and invasiveness ability of Chinook salmon. Future works should aim to search for signatures of selection using intrapopulation methods and a wider density of markers, which may help to explain successful colonization of Chinook salmon around the globe. 2022-01-01T00:00:00Z https://repositorio.uchile.cl/handle/2250/191312 Caracterización epidemiológica de Salmonella entérica y Escherichia coli shigatoxigénica en sistemas productivos de traspatio en la región metropolitana, año 2019 Pavez Muñoz, Erika Isabel En la región Metropolitana de Chile se registran 3.836 sistemas productivos de traspatio (SPT), caracterizados por ser sistemas pequeños, con escasa asistencia veterinaria y medidas de bioseguridad. Estos sistemas pueden actuar como mantenedores y diseminadores de patógenos zoonóticos, como Salmonella spp. y Escherichia coli shigatoxigénica (STEC), cuya prevalencia y circulación en SPT no está totalmente caracterizada. El objetivo de esta Memoria de Título fue determinar la positividad para ambos agentes en SPT, estableciendo factores de riesgo relacionados con su presencia. En cada SPT se aplicó una encuesta epidemiológica y se recolectaron muestras de heces para detectar los patógenos. Estas fueron procesadas mediante cultivo bacteriológico para ambos agentes, y confirmadas mediante PCR convencional. Posteriormente se realizaron modelos de regresión logística multivariable para establecer los factores de riesgo asociados a positividad. Se reportaron prevalencias de 4,7% para Salmonella spp. y 11,47% para STEC en la región. Los SPT son manejados mayoritariamente por pensionados, mantienen diversas especies, carecen de bioseguridad y asesoría veterinaria privada o pública. El análisis epidemiológico concluyó que, intercambiar huevos embrionados (p=0,021; OR 39), mantener aves con el pico cortado (p=0,001; OR 156), la diversidad biológica (Índice Gini-Simpson) (p=0,03; OR 1,717), cercanía con planteles comerciales (p=0,019; OR 20,645) y la calidad de usuario de INDAP o PRODESAL (p=0,023; OR 15,026) son factores que aumentan el riesgo de positividad. Por otro lado, el tipo de confinamiento (p=0,002; OR 0,019) lo disminuye. La bioseguridad y asistencia veterinaria en los SPT son clave para prevenir brotes de enfermedades en poblaciones de alto riesgo; In Metropolitana region, Chile, 3,836 backyard production systems (BPS) are registered, characterized by being small systems, with low veterinary assistance and biosecurity measures. These systems could act as maintainers and disseminators of zoonotic pathogens, such as Salmonella spp. and shiga-toxin producing Escherichia coli (STEC), whose prevalence and circulation in SPT are not fully characterized. The aim of this Undergraduate thesis was to determine positivity for both agents in SPT, establishing risk factors related to their presence. An epidemiological survey was applied to each BPS where stool samples were collected to detect these pathogens. Samples were processed by bacteriological culture for both agents, confirmed by conventional PCR. Subsequently, multivariable logistic regression models were performed to establish the risk factors associated with positivity. Prevalence of 4.7% were reported for Salmonella spp. and 11.47% for STEC in the region. The BPS are mainly managed by pensioners, maintaining various species, with a lack biosecurity and private/public veterinary advice. The epidemiological analysis concluded that exchanging embryonated eggs (p = 0.021; OR 39), keeping birds with their beaks cut off (p = 0.001; OR 156), biological diversity (Gini-Simpson Index) (p = 0.03; OR 1,717), proximity to intensive poultry/swine production (p = 0.019; OR 20,645) and the quality of be user of INDAP or PRODESAL (p = 0.023; OR 15,026) are factors that increase the risk of positivity. In contrast, the type of confinement (p = 0.002; OR 0.019) decreases it. Biosecurity and veterinary assistance in BPS are key factors to prevent disease outbreaks in high-risk populations 2020-01-01T00:00:00Z https://repositorio.uchile.cl/handle/2250/182308 Modelos de ocupación de sitio de triatominos silvestres en localidades rurales de la región de Coquimbo, Chile Salgado Moya, Rodrigo Alejandro. Se evaluó la ocupación de triatominos en “chaguales” (bromeliáceas del género Puya) y “pircas” (muros de piedras apiladas) presentes en cuatro localidades rurales de la Región de Coquimbo, considerando la sensibilidad del método de captura, la cual consistió en trampas de cebo de fermentación de azúcar por levaduras. En las localidades de Tranquilla y la Rinconada, se establecieron 100 y 98 puntos asociados a chaguales, mientras que en las localidades de Tulahuén y Cochiguaz, se establecieron 93 y 63 puntos asociados a pircas, respectivamente. Los puntos fueron evaluados durante seis días consecutivos y con sus resultados diarios se estimó la probabilidad de ocupación en conjunto con la probabilidad de detección de triatominos, reflejando esta última la sensibilidad del método de captura. Tales estimaciones se obtuvieron en base a una función de máxima verosimilitud. Se comparó la probabilidad de ocupación con dos estimaciones de índice de infestación que ignoraban la probabilidad de detección, que fueron obtenidas considerando los datos de sólo el primer día de muestreo y la totalidad del período. Se evaluaron además, características de ubicación y dimensión de los chaguales o pircas asociados, incorporándose a modelos de regresión logística de dicha función. En las cuatro localidades se obtuvo captura de triatominos, todos correspondientes a la especie Mepraia spinolai, con diversos estados de desarrollo. No se observaron diferencias significativas entre las estimaciones de probabilidad de ocupación y los índices de infestación obtenidos con la totalidad de periodo, pero sí con los de un sólo día de captura, resaltando así la necesidad de la repetición de los muestreos en cada punto. La probabilidad de detección de triatominos varió entre los días de muestreo para los puntos asociados a chaguales, no así para los asociados a pircas. La localidad fue una variable significativa para la probabilidad de ocupación del modelo en chaguales, habiendo más chances en el área evaluada de La Rinconada que en la de Tranquilla, y fue un factor que sesgó los efectos de la distancia a la vivienda más cercana (DIST_VIV) y el perímetro del chagual (PER), sugiriendo que otros factores no evaluados y específicos para cada localidad estarían realmente influyendo en la presencia de triatominos en chaguales y que se confundieron con los del estudio. Dentro de las diferencias entre ambas localidades, la disponibilidad de micromamíferos es sugerente y requiere ser mejor entendida para futuros análisis de infestación en los chaguales. La localidad, DIST_VIV, ancho de la pirca (ANCH_P) y altura de la pirca (ALT_P), no mostraron tener un efecto en la probabilidad de ocupación de triatominos en los puntos asociados a este ecotopo, pero sí los tuvo DIST_VIV y ALT_P en la probabilidad de detección, habiendo mayor probabilidad de detectar la presencia de triatominos en un punto asociado a pircas con mayor cercanía a viviendas y asociado a pircas más altas. Tal relación no obstante, pudo haber sido confundida por la abundancia de triatominos en cada punto. Este es el primer análisis cuantitativo de infestación en este tipo de ambientes, el cual refuerza la idea de que chaguales y pircas pueden representar lugares de alto riesgo de contacto con triatominos. Nuevas variables deben considerarse para conocer mejor su magnitud y la necesidad de establecer más o mejores medidas de prevención.; The occupation of triatomines in “chaguales” (bromeliads of the genus Puya) and "pircas" (walls of stacked stones) present in four rural localities of the Coquimbo Region was evaluated, considering the sensitivity of the capture method, which consisted of bait traps of fermentation of sugar by yeast. In the localities of Tranquilla and La Rinconada, 100 and 98 points were established associated with chaguales, while in the localities of Tulahuén and Cochiguaz, 93 and 63 points were established, associated with pircas, respectively. The points were evaluated during six consecutive days and the probability of occupation was estimated together with the probability of detection of triatomines from the daily results, reflecting the latter the sensitivity of the capture method. Such estimates were obtained based on a maximum likelihood function. The probability of occupation was compared with two estimates of infestation index that ignored the probability of detection, which were obtained considering data from only the first day of sampling and the entire period. In addition, characteristics of location and dimension of the associated chaguales or pircas were evaluated, incorporating to logistic regression models of the function. Triatomines were captured in all locations, all corresponding to the species Mepraia spinolai, with various stages of development. No significant differences were observed between the estimates of the probability of occupation and the infestation rates obtained with the whole period, but it were with those of a single day of capture, thus highlighting the need for the repetition of the samplings at each point. The probability of detection of triatomines varied between the sampling days for the points associated with chaguales, but not for those associated with pircas. The locality was a significant variable for the probability of occupation of the model in chaguales, with more chances in the evaluated area of La Rinconada than in that of Tranquilla, and it was a factor that biased the effects of distance to the nearest dwelling (DIST_VIV ) and the perimeter of the chagual (PER), suggesting that other factors not evaluated and specific for each locality would be really influencing the presence of triatomines in chaguales and that they were confused with those of the study. Within the differences between both localities, the availability of micromammals is suggestive and needs to be better understood for future analyzes of infestation in the chaguales. The locality, DIST_VIV, width of the pirca (ANCH_P) and height of the pirca (ALT_P), did not show an effect over the probability of occupation of triatomines in the points associated with this ecotope, but DIST_VIV and ALT_P did have effect over the probability of detection, having a greater probability of detecting the presence of triatomines in a point associated with pircas with greater proximity to houses and associated with higher pircas. Such a relationship, however, may have been confused by the abundance of triatomines at each point. This is the first quantitative analysis of infestation in this type of environment, which reinforces the idea that chaguales and pircas can represent places of high risk of contact with triatomines. New variables must be considered to better understand their magnitude and the need to establish more or better prevention measures. 2018-01-01T00:00:00Z