Comparación de la inhibición de la reacción en cadena de la polimerasa según la extracción de DNA de Cryptosporidium spp

Abstract

Cryptosporidium spp, es un protozoo causante de diarrea en bovinos, principalmente terneros. El objetivo del estudio fue comparar la inhibición de la Reacción en Cadena de la Polimerasa para Cryptosporidium spp en muestras de DNA obtenidas desde dos métodos de extracción, y determinar su efecto en la positividad y rendimiento diagnóstico. Se procesaron 40 muestras de heces de terneras de planteles lecheros de la Región Metropolitana, Chile. Todas las muestras eran positivas para Cryptosporidium spp según técnica Ziehl Neelsen modificada. De cada muestra se realizó extracción mediante los métodos cloroformo-fenol y kit ZR Fecal DNA Miniprep, Zymo Research®. La Reacción en Cadena de la Polimerasa fue positiva en 32 (80%) y 40 (100%) de las muestras de DNA extraídas mediante cloroformo-fenol y kit Zymo® respectivamente. En las ocho muestras extraídas mediante cloroformo-fenol que no amplificaron a la Reacción en Cadena de la Polimerasa para Cryptosporidium, se realizó una Reacción en Cadena de la Polimerasa control para descartar la presencia de inhibidores, resultando solo una de estas muestras inhibida. No hubo diferencias significativas al comparar la inhibición de la prueba molecular según cada método de extracción. El DNA (ng/μL) obtenido de extraídos mediante kit Zymo® fue mayor en el 95% de las muestras, en relación a cloroformo-fenol, siendo esta diferencia estadísticamente significativa (p≤0,05). Los resultados sugieren la importancia de realizar una Reacción en Cadena de la Polimerasa control de inhibición en muestras que no amplifiquen, evitando informar falsos negativos.