Diversidad genética del gen de la neuraminidasa en el virus influenza a de origen porcino durante los años 2013-2014

Abstract

El virus influenza A (IAV) de origen porcino posee gran importancia en salud pública y salud animal. IAV posee gran variabilidad genética y antigénica, lo cual es muy importante dentro de su patogenia. Este estudio consistió en determinar la variabilidad genética del gen de la neuraminidasa (NA) en virus aislados de planteles porcinos de producción intensiva entre los años 2013 y 2014. Para esto, se analizaron 1167 muestras desde 25 granjas mediante aislamiento viral, RT-PCR en tiempo real y secuenciación por Next Generation Sequencing, obteniéndose 41 secuencias genómicas de NA pertenecientes al 50% de las empresas muestreadas. Se determinó la presencia de los subtipos H1N1, H1N2 y H3N2 circulando en los planteles chilenos, específicamente en la Región de Valparaíso, Región Metropolitana, Región del Libertador General Bernardo O’Higgins, Región del Maule y Región del Biobío, confirmando la gran diseminación de IAV en porcinos de Chile. Del total de secuencias de NA, 17 correspondieron a N1, las que fueron agrupadas dentro del clúster N1 pandémico, evidenciando múltiples introducciones del virus a la especie porcina. Por otro lado, 24 secuencias correspondieron a N2. La mayoría de éstas se agruparon en un clúster monofilético, que fue designado como “N2 chileno”, el cual resultó ser distinto a aquellos encontrados en otros países y evidenciaban una introducción única a la población de cerdos chilenos. Se observó también la presencia de distintas variantes virales dentro de una misma empresa y la presencia de una misma variante en empresas distintas. Estos resultados permitieron conocer la realidad de IAV y específicamente la diversidad de NA.

Swine origin influenza A virus (IAV) is an important concern in both public and animal health. IAVs have shown high genetic and antigenic diversity, which is very important for the viral pathogenesis. The aim of this study was to determine the neuraminidase gene (NA) genetic variability in IAVs obtained from intensive swine farms, during 2013 to 2014. One thousand one hundred sixty-seven samples from 25 swine farms were tested by viral isolation, real time RT-PCR and sequenced by Next Generation Sequencing. A total of 41 NA sequences were obtained, representing 50% of the swine farms in study. H1N1, H1N2 and H3N2 subtypes were detected in Valparaíso, Metropolitan, Libertador General Bernardo O´Higgins, Maule and Biobío Regions, confirming the wide spreading of IAV in intensive swine farms in Chile. Seventeen viral sequences belonged to N1 subtype. All of them were grouped into the pandemic N1 cluster, and the tree topology suggests multiple introductions of the virus into swine population. The rest of the sequences belonged to N2 subtype. Most of them were grouped into a monophyletic cluster, named “Chilean N2”. This cluster was not close related with viruses previously described, suggesting a unique introduction into the swine population. At farm level, was observed the presence of more than one IAV variant and the presence of a determined variant circulating in several farms. These results could help to understand the influenza A virus dynamic in swine in Chile.