Detección y caracterización genotípica de circovirus porcino tipo 2 en Chile

Abstract

El circovirus porcino tipo 2 (PCV2, del Inglés Porcine Circovirus Type 2) pertenece a la familia circoviridae, la cual está constituida por virus pequeños y sin envoltura, con un genoma de ADN circular de hebra simple. El genoma de PCV2 codifica en forma divergente para dos marcos de lectura abiertos (ORFs, del Inglés Open Reading Frames) involucrados en la formación de la cápside (cap) y el complejo de replicación viral. Este virus es considerado el agente etiológico principal de una enfermedad emergente en nuestro país, denominada Síndrome del Desmedro Multisistémico Postdestete (PMWS, del Inglés Postweaning Multisystemic Wasting Sindrome) en cerdos, el cual se caracteriza por generar una inmunosupresión severa, con pérdida progresiva de peso y deterioro general de la condición corpórea, lo que acompañado por una serie de infecciones concomitantes, llevan a la muerte prematura del animal, con las consecuentes pérdidas económicas en los países productores. Si bien es un síndrome ampliamente distribuido en el mundo y muy común en todos los planteles productores de cerdos, la presencia de PCV2 en Chile no ha sido del todo demostrada. El objetivo de esta memoria de título fue detectar la presencia de circovirus porcino tipo 2 en Chile y caracterizar su genotipo. La detección del virus se realizó por medio de PCR desde muestras de linfonodos inguinales superficiales de cerdos con signología PMWS, pertenecientes a 3 planteles porcinos de la zona central de Chile, analizándose al menos 5 casos por plantel. El gen orf2 del virus fue detectado en el 100 % de las muestras analizadas, tanto por PCR simple como por PCR semi-cuantitativo. Por otra parte, con el fin de realizar una caracterización genotípica del virus, el gen orf2 fue sometido a un análisis de la longitud de los polimorfismos de los fragmentos de restricción (RFLP, del inglés restriction fragment length polymorphism), no encontrándose diversidad genética, intrae inter-planteles, entre las muestras analizadas, las cuales presentaron un patrón RFLP igual a un clon europeo usado como control. Posteriormente se realizó la secuenciación nucleotídica en ambos sentidos, tras el clonamiento, de cuatro secuencias aisladas de los diferentes predios. Las secuencias presentaron un 94% de identidad nucleotídica entre si y su análisis filogenético las agrupó en un clado específico, junto con aislados suecos y algunos aislados chinos. Además, este análisis junto a revisión bibliográfica reciente, permitió diferenciar las secuencias en dos subgrupos o subgenotipos del virus, 1 y 2. De esta manera fue posible concluir que el circovirus porcino tipo 2 esta presente en nuestro país y que las cepas analizadas corresponden al subgrupo 1, presentando una estrecha relación con genotipos de origen Europeo.

Porcine Circovirus pig type 2 belong to the family circoviridae, constituted by small virus without envelope, with a simple circular strand DNA genome, which codifies in divergent form for two open reading frames (ORFs) involved in the capsid formation (Cap) and the viral replication complex. This virus is considered the mayor the etiologic agent of an emergent disease in our country, denominated Postweaning Multisystemic Wasting Syndrome, PMWS, in pigs, which is characterized to generate a severe immunosupression, with a progressive weight loss and general decline in the fitness condition, which is accompanied by a series of concomitant infections, with the premature death of the animal, and the consequent economic losses in the pig-producing countries. Although it is a syndrome wide world distributed and very common in all the pig-producing establishments, the presence of PCV2 in Chile has not absolutely been demonstrated. The goal of this thesis was to detect the presence of porcine circovirus type 2 in Chile and to characterize its genotype. The detection of the virus was performed by PCR from lymph nodes samples of PMWS-pigs, bellowing to 3 pig- producing establishments from the central zone of Chile, analyzing 5 cases per establishment at least. The orf2 gene virus was detected in 100% of the analyzed samples, by simplex PCR and by semi-quantitative PCR. On the other hand, in order to perform the virus genotypic characterization, the orf2 gene amplified was analyzed by RFLP, not founding genetic diversity among the analyzed samples intra- and inter-establishments; which presented the same RFLP pattern than european isolated clone used as ingroup. The nucleotide sequenciation, after cloning, was performed in both strand in four isolated sequences from different pig-producing establishment. The sequences presented a 94% of nucleotidic identity each other. The phylogenetic analysis clustered them in specific clade, near to some swedish and chinese isolated. This analysis, together to recent bibliographical revision, allowed to differentiate the sequences in two sub-groups, 1 and 2. Taken together these results shows that porcine circovirus type 2 is present in our country and that the analyzed isolated correspond to sub-group 1, presenting a near relation with european isolated.