Identificación y caracterización genética de circovirus porcino tipo 3 (PCV3) en granjas de producción intensiva en zona centro sur de Chile

Abstract

Hasta hace unos años, se conocía la existencia de 2 especies de Circovirus porcino, el Circovirus porcino tipo 1 (PCV1) y Circovirus porcino tipo 2 (PCV2), el primero no patógeno y el segundo patógeno para el cerdo. Sin embargo, en 2015 se descubrió un tercer tipo de Circovirus, el cual se denominó Circovirus porcino tipo 3 (PCV3, por sus siglas en inglés). Aunque se han realizado muchos estudios de este virus, aún no se ha podido determinar su efecto patógeno, siendo encontrado en cerdos de diferentes edades, enfermos y sanos. El PCV3 se ha ido reportando en diferentes países del mundo, despertando la interrogante de conocer su presencia en Chile, debido a la inexistencia de reportes en este país. El objetivo de este estudio fue identificar y caracterizar genéticamente el Circovirus porcino tipo 3 en granjas de producción intensiva de cerdos de Chile. Se recolectaron muestras de suero de 14 granjas de producción intensiva de cerdos de la zona centro sur de Chile. Dichas muestras se separaron por edades en 3 categorías, estas son; 3, 10 y 18-22 semanas de edad, con el fin de determinar alguna predilección etaria del virus. Por último, de una selección de muestras positivas se realizó secuenciación mediante Sanger y se analizó filogenéticamente. Los resultados indicaron su presencia en la zona centro sur de Chile, dando un 78,57% del total de las granjas de este estudio positiva a la presencia de PCV3. Este virus se encontró presente en todas las categorías etarias, siendo la edad de 10 semanas la que obtuvo un mayor porcentaje de casos positivos, con un 39,28% de positividad. Sin embargo, no existe una diferencia estadísticamente significativa para poder determinar que este virus presenta una mayor predilección por esta edad. Por último, las secuencias recolectadas en este estudio se localizaron en el clado 1 del árbol filogenético, compartiendo un ancestro común con la secuencia MH547279, procedente de China, además de tener una homología de un 99,39% y 99,63% con las secuencias de las granjas F y H respectivamente. Finalmente, podemos concluir que este virus está presente en Chile, sin embargo, no se ha podido determinar si presenta alguna predilección etaria y que se encuentra presente en el árbol filogenético con la mayoría de las secuencias mundiales, con un ancestro común, compartido con la secuencia procedente de China. Debido a estos resultados, se puede determinar que se necesitan mayores estudios para poder entender su patogenia, distribución y fisiopatología, para lograr comprender cuál será su rol dentro de la industria porcina

has been described, the non pathogenic Porcine Circovirus type 1 (PCV1) and the pathogenic Porcine Circovirus type 2 (PCV2), causative agent of the Porcine Multisystemic Wasting Syndrome (PMWS). In 2015 a third type of Circovirus was discovered, called Porcine Circovirus type 3 (PCV3). Although many studies of this virus have been carried out, it has not yet been possible to determine its pathogenic effect, due to is commonly detected in both diseased and healthy pigs of different ages. PCV3 has been reported in different countries around the world, raising the question about its presence in Chile, due to the non-existence of reports in this country. The objective of this study was to identify and genetically characterize porcine circovirus type 3 in intensive pig production farms in Chile. Serum samples were collected from 14 intensive pig production farms in the south-central zone of Chile. These samples were separated by age into 3 categories; these are 3, 10 and 18-22 weeks of age, in order to determine any age predilection of the virus. Finally, from a selection of positive samples, Sanger sequencing was performed and phylogenetically analyzed. The results indicated its presence in the south-central zone of Chile, 78.57% of the total farms in this study were positive for the presence of PCV3. This virus was detected present in all ages, more commonly detected at 10 weeks old pigs (39.28%). However, there is no statistically significant difference to be able to determine that this virus has a greater predilection for this age. Finally, the sequences collected in this study were located in clade 1 of the phylogenetic tree, sharing a common ancestor with the sequence MH547279, from China, with homology of 99.39% and 99.63%. Finally, we can conclude that this virus is present in Chile, however, it has not been possible to determine if it presents any age predilection and that it is present in the phylogenetic tree with most of the world sequences, with a common ancestor, shared with the sequence from China. Due to these results, it can be determined that further studies are needed to understand its pathogenesis, distribution and pathophysiology, in order to understand its role within the swine industry