Re-descubriendo influenza A humana en Chile : análisis retrospectivo del gen de la Hemaglutinina (HA)

Abstract

ABSTRACT

The human influenza A virus (IAV) has been causing seasonal flu and Influenza pandemics throughout human history. This virus not only affects humans but also animals producing zoonoses and reverse zoonoses. Due to its importance, the evolution of this virus has been studied continuously worldwide. However, in Chile and South America, information is scarce, especially before the 2009 pandemic. The objective of this study was to study the viral dynamics and diversity of Chilean human IAVs, using the hemagglutinin gene of isolates obtained between 1996. and 2007. Isolates were sequenced and analyzed using phylogeny to demonstrate the genetic relationships of Chilean viruses with others obtained worldwide. Forty-two IAV genomes were obtained, of which 12 were subtyped as H1 and 30 as H3 subtype. All viruses detected corresponded to the H1N1 and H3N2 subtypes, H1N2 was not identified. The H1 subtype was detected in 1996 (1) and 2000 (11), and the H3 subtype was detected in 1996, 2001, 2003, 2004, 2005, and 2007. In general, the phylogeny showed a distribution polyphyletic of the isolates. These results are compatible with independent introductions of viruses, which in general were close related to isolates from North America. This dynamic and viral diversity was similar to the global seasonal influenza dynamic.

RESUMEN El virus de la influenza A humana (IAV) ha producido gripes estacionales y pandemias a lo largo de la historia de la humanidad. Este virus, no sólo afecta a seres humanos, sino que también a animales produciendo zoonosis y zoonosis reversa. Por su importancia, la evolución de este virus ha sido estudiado de manera continua en el mundo. Sin embargo, en Chile y Sudamérica la información es escasa sobretodo antes de la pandemia del 2009. El objetivo del presente estudio fue estudiar retrospectivamente la dinámica y diversidad viral de IAV humanos chilenos, usando el gen de la hemaglutinina de aislados obtenidos entre los años 1996 y 2007. Se secuenciaron aislados y se analizaron mediante filogenia para evidenciar las relaciones genéticas de los virus nacionales con otros obtenidos a nivel mundial. Se obtuvo 42 genomas de IAV, de las cuales 12 correspondieron al subtipo H1 y 30 al subtipo H3. Los virus correspondieron a los subtipos H1N1 y H3N2, no se identificaron H1N2. Los subtipos H1 fueron detectados en los años 1996 (1) y 2000 (11), y a su vez, los subtipos H3 se encontraron en los años 1996, 2001, 2003, 2004, 2005 y 2007. Los análisis filogenéticos en general demostraron una distribución polifilética de los aislados, compatible con introducciones independientes de virus, los cuales en general estuvieron relacionados con aislados de Norteamérica. Esta dinámica y diversidad viral fue similar a lo observado a nivel mundial.