Frecuencia de detección de tipos C2, B3, B7 Y B66 de adenovirus humanos respiratorios en pacientes pediátricos graves con neumonía en dos períodos epidemiológicos : 1998-2005 y 2022-2023 en Santiago de Chile

Abstract

Introducción: Los Adenovirus humanos (AdVH) son virus ADN de doble hebra lineal, sin manto, que producen cuadros respiratorios especialmente en población pediátrica de evolución leve; aunque hay casos graves y fatales. El diagnóstico de la infección se realiza mediante inmunofluorescencia y por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) pero sin discriminar el tipo viral. Se ha reportado asociación de los tipos AdVH-B3 y AdVH-B7 a cuadros más graves. No existen datos epidemiológicos actuales de los tipos circulantes en la población pediátrica chilena, especialmente asociados a gravedad. En otras regiones se reportan cambios en la circulación de AdVH aumentando los tipos C2, B3 y B7, en los últimos años. Objetivo: Comparar la circulación de los tipos C2, B3, B7 y B66 de AdVH en población infantil con enfermedad respiratoria grave por este virus, en Santiago de Chile entre los períodos 1998-2005 y 2022-2023. Metodología: Se utilizaron 34 muestras de autopsias de infantes fallecidos por neumonía adquirida en la comunidad, recolectadas por el grupo Dr. L.F. Avendaño entre los años 1998 y 2005, provenientes de los hospitales Roberto del Río (HRR) y Exequiel González Cortés (HEGC) y del Servicio Médico Legal (SML), todas positivas para AdVH. Se incorporaron al estudio 54 muestras respiratorias positivas para AdVH obtenidas de población pediátrica consultante en Servicio de Urgencia en los hospitales HRR y HEGC entre agosto 2022 a agosto 2023 y que desarrollaron un curso grave de la enfermedad. Se obtuvo el ADN de las muestras respiratorias respectivas y se tipificaron mediante PCR en tiempo real con partidores específicos para los genes fibra y hexón de los tipos C2, B3 y B7 de AdVH, y para la región genómica del gen de la glicoproteína de 20.5 kDa y gen E3 para el tipo B66 de AdVH. Estos ensayos se diseñaron y optimizaron en el laboratorio. Se utilizó prueba de Fisher en variables categóricas. Se realizó un análisis in silico para comparaciones de secuencias de B3, B7 y B66 con el nuevo tipo reportado: B114 (Mega 11®). La obtención de muestras fue aprobada por los Comités de ética respectivos. Resultados: En el período 1998-2005, la mediana de edad de la población estudiada fue de 3 meses y el 73% se agrupó entre 1 a 6 meses y en el período 2022-2023 fue de 12 meses y el 42% presentó una edad entre 24 a 36 meses. En el diagnóstico clínico hay mayor proporción de neumonía en el periodo 2022-2023 que en 1998-2005. Se encontraron diferencias significativas (p<0,05) en la detección de los tipos C2 (8,8% a 32,1%) y B66 (91,2% a 35,9%) entre los períodos, mientras que, los cambios en la detección de B3 y B7 no fueron significativos, de 32,4% a 35,9 % y de 14,7% a 1,9%, respectivamente entre los períodos analizados. La tasa en la coinfección entre tipos cambió significativamente de un 55,9% a un 39,6%. Conclusión: La frecuencia de detección de los tipos estudiados de AdVH fue distinta entre los períodos 1998-2005 y 2022-2023 en población pediátrica grave con enfermedad respiratoria con un aumento de la detección del tipo AdVH-C2 y disminución de AdVH-B66. Con la metodología utilizada no se puede discriminar si las coinfecciones B3 y B66 corresponderían al nuevo tipo B114 recientemente descrito.

Introduction: Human adenoviruses (HAV) are linear, double-stranded DNA viruses without a coat that cause respiratory symptoms, especially in the pediatric population, with a mild course; although there are severe and fatal cases. The diagnosis of the infection is made by immunofluorescence and polymerase chain reaction (PCR) but without discriminating against the viral type. Association of HAV-B3 and HAV-B7 types with more severe symptoms has been reported. There are no current epidemiological data on the circulating types in the Chilean pediatric population, especially associated with severity. In other regions, changes in the circulation of HAV have been reported, with an increase in types C2, B3, and B7 in recent years. Objective: To compare the circulation of HAV types C2, B3, B7, and B66 in the pediatric population with severe respiratory disease caused by this virus in Santiago, Chile, between the periods 1998-2005 and 2022-2023. Methodology: 34 autopsy samples from infants who died from community-acquired pneumonia were used, collected by the Dr. L.F. Avendaño group between 1998 and 2005, from the Roberto del Río (HRR) and Exequiel González Cortés (HEGC) hospitals and the Legal Medical Service (SML), all positive for AdVH. 54 positive respiratory samples for AdVH obtained from the pediatric population consulting the Emergency Service at the HRR and HEGC hospitals between August 2022 and August 2023 and who developed a severe course of the disease were incorporated into the study. DNA was obtained from the respective respiratory samples and typed by real-time PCR with specific primers for the fiber and hexon genes of the C2, B3 and B7 types of AdVH, and for the genomic region of the 20.5 kDa glycoprotein gene and E3 gene for the B66 type of AdVH. These assays were designed and optimized in the laboratory. Fisher's test was used on categorical variables. An in silico analysis was performed for sequence comparisons of B3, B7 and B66 with the newly reported type: B114 (Mega 11®). The sampling was approved by the respective Ethics Committees. Results: In the period 1998-2005, the median age of the studied population was 3 months and 73% were grouped between 1 to 6 months and in the period 2022-2023 it was 12 months and 42% were between 24 to 36 months. In the clinical diagnosis there is a higher proportion of pneumonia in the period 2022-2023 than in 1998-2005. Significant differences (p <0.05) were found in the detection of types C2 (8.8% to 32.1%) and B66 (91.2% to 35.9%) between the periods, while the changes in the detection of B3 and B7 were not significant, from 32.4% to 35.9% and from 14.7% to 1.9%, respectively, between the periods analyzed. The rate of co-infection between types changed significantly from 55.9% to 39.6%. Conclusion: The detection frequency of the studied types of AdVH was different between the periods 1998-2005 and 2022-2023 in a pediatric population with severe respiratory disease, with an increase in the detection of the AdVH-C2 type and a decrease in AdVH-B66. With the methodology used, it is not possible to discriminate whether the B3 and B66 co-infections would correspond to the recently described new type B114.