Parentesco genómico de aislados de pestivirus obtenidos de ovejas, cabras, alpacas y llamas naturalmente infectadas mediante el análisis de una fracción del gen de la proteína E2

Abstract

El género pestivirus pertenece a la familia Flaviviridae e incluye a virus que afectan a rumiantes domésticos como bovinos, ovinos, caprinos y camélidos sudamericanos así como también a rumiantes silvestres y cerdos. En los últimos años, en la literatura internacional, se han descrito cuatro especies de pestivirus: virus de la diarrea viral bovina genotipo 1 y 2 (VDVB-1 y VDVB-2), virus de la enfermedad de la frontera (VEF) y virus de la peste porcina clásica (VPPC). Dentro del género pestivirus, el VDVB es de distribución mundial, produce cuadros clínicos de distinta gravedad y produce grandes pérdidas económicas sobre todo por el daño a nivel reproductivo que causa en el ganado y por la presencia de animales persistentemente infectados los que actúan como reservorio de la enfermedad. Por medio de estudios moleculares, se han determinado varios subgrupos dentro de cada especie viral de pestivirus, así como también, se han propuesto nuevos pestivirus propios de especies silvestres lo que ha incentivado estudios para determinar si pequeños rumiantes y especies silvestres han sufrido contagio desde el ganado bovino vía interespecies, o bien, poseen especies virales propias de pestivirus. El objetivo de esta memoria de título fue determinar el parentesco genético de aislados de pestivirus obtenidos de ovejas, cabras, alpacas y llamas naturalmente infectadas mediante el análisis de una fracción del gen de la proteína E2. Para esto, se trabajó con 25 aislados de pestivirus, los cuales fueron reactivados por medio de sucesivos pasajes por cultivos celulares y posteriormente confirmados como positivos por prueba de inmunofluorescencia directa. Se realizó extracción del ARN viral de los aislados, para poder realizar la amplificación por RT-PCR, utilizando partidores específicos. Finalmente, se realizó alineamiento de secuencias nucleotídicas y análisis filogenético, el que incluyó cepas de referencia internacionales y secuencias de aislados de bovinos chilenos. El análisis por filogenia molecular determinó que del total de 25 aislados analizados, 21 (84%) corresponden al subgrupo VDVB-1e. Los 4 aislados restantes (16%) fueron clasificados dentro del subgrupo VDVB-1b. Esto permite concluir que en pequeños rumiantes en Chile se encuentran presentes los subgrupos 1b y 1e del VDVB, estrechamente relacionados genéticamente con los aislados bovinos nacionales.