Diagnóstico molecular de Bordetella spp mediante la reacción en cadena de la polimerasa semianidada

Abstract

El objetivo de este estudio fue implementar una protocolo de diagnóstico para Bordetella spp a través de la detección del gen flaA, que codifica la proteína estructural flagelina, mediante la reacción en cadena de la polimerasa semianidada. Para esto se diseñaron 3 partidores in silico mediante el uso del programa OligoPerfect™, los cuales fueron posteriormente sintetizados por la empresa BIOSCAN. Utilizando como muestras tres cepas de Bordetella bronchiseptica, se obtuvieron los fragmentos de los tamaños esperados (362 pb y 170 pb) y, tras la secuenciación del fragmento de 362 pb, se determinó un porcentaje de identidad nucleotídica del 95% respecto al dato oficial registrado en GenBank, a través del programa Clustal Ω . Este valor fue corroborado al ingresar la misma secuencia al programa online BLAST, el cual también entregó un porcentaje de identidad nucleotídica del 95% respecto al gen de la proteína flagelina de Bordetella spp

The objective of this study was to implement a diagnostic protocol for Bordetella spp, by the chain reaction of the semi-nested polymerase, through the detection of the flaA gene, which encodes the structural protein flagellin. For this, 3 in silico primers were designed through the use of the OligoPerfect ™ program, which were later synthesized by the BIOSCAN company. Using three strains of Bordetella bronchiseptica as samples, fragments of the expected sizes were obtained (362 bp and 170 bp) and, after the sequencing of the larger amplicon, a percentage of 95% nucleotide identity was determined with respect to the official data registered in GenBank, through the Clustal Ω program. This value was corroborated when entering the same sequence to the BLAST online program, which also delivered a 95% nucleotide identity percentage with respect to the flagellin protein gene of Bordetella spp