Plataforma Web para el análisis y clasificación de organismos acidófilos

Abstract

La investigación de microorganismos ha sido de vital importancia durante la última década debido a las diferentes aplicaciones industriales de estos. Por lo mismo múltiples centros de investigación realizan diversos trabajos de investigación relacionadas a ciertos subgrupos de microorganismos. Los resultados de dichos trabajos muchas veces son publicados en forma de bases de datos públicas o utilizando diferentes herramientas web. El centro de bioinformática y biología genómica de la Fundación Ciencia \& Vida se enfoca en el estudio de la evolución de organismos acidófilos (pH < 5) utilizando herramientas de genómica integrativa. Dentro de sus principales áreas de estudio encontramos, identificación de los límites físico-químicos en el crecimiento de estos organismos, reconstrucciones filogenéticas, identificación de genes asociados a la resistencia a acidez y mecanismos de adquisición. Este trabajo de título consiste en el diseño e implementación de una herramienta web interactiva que utiliza la información recopilada y almacenada por el centro de bioinformática, esta herramienta considera funciones específicas que se ajustan a las necesidades dentro del área de investigación del laboratorio. El uso de este tipo de herramientas es cada vez mas común dentro del área de la bioinformática, ya que es una forma sencilla de dar a conocer los resultados de un centro de investigación de manera complementaria a las publicaciones. Lamentablemente, estas herramientas por lo general se enfocan, en la entrega de información dejando de lado la usabilidad y funcionalidad de las interfaces. Durante este trabajó de título, se analizó la factibilidad de implementación de las diferentes funcionalidades requeridas por el centro de bioinformática, se estudiaron las diferentes opciones para la arquitectura de la aplicación, modelo de datos y diseño de interfaces para finalmente implementar la aplicación web con las diferentes funcionalidades. Dentro de estas se encuentran la visualización de organismos agrupados por taxonomía, búsqueda y filtros de organismos utilizando diferentes atributos (pH, temperatura óptima de crecimiento, entre otros) y diferentes gráficos dependiendo de los atributos de cada organismo. Por último, cabe destacar que se realizaron validaciones de funcionalidades e interfaces en conjunto con los miembros del centro de bioinformática, enfocándose principalmente en la usabilidad de la plataforma, este proceso se realizó de manera transversal durante toda la etapa de implementación. Con esto se logró implementar exitosamente la herramienta web, con cada una de las funcionalidades identificadas a lo largo de este proyecto junto con las interfaces asociadas a estas.