Estudios del "regulón quorum sensing" de acidtihiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 mediante métodos bioinformáticos y análisis de expresión génica

Abstract

Las funciones génicas reguladas por el sistema de .quorum sensing" de Acithiobacillus ferrooxidans son desconocidas. Con el objetivo de comenzar a caracterizarlas, se utilizó un enfoque bioinformático para identificar un conjunto de posibles sitios de unión del regulador transcripcional AfeR en la secuencia nucleotidica del genoma de esta bacteria. Primero, se utilizaron Modelos Ocultos de Markov para modelar la secuencia de unión al regulador AfeR (caja afe) y encontrar secuencias similares en el genoma. Luego, algunos sitios fueron seleccionados de acuerdo a las características de su organización genética (i. e. la cercanfa con un codón de inicio traduccional predicho). Posteriormente, ésta búsqueda se ref¡nó utilizando una herramienta de identificación de motivos de secuencia compartido (MEME) y evaluando la presencia de promotores consenso del tipo sigma 70 en las cercanías de los sitios. Con esto, se definió un "regulón QS" putativo para A. ferrooxidans conformado por 75 genes. lnteresantemente. estos genes incluyen al regulador transcripc¡onal AfeR.