Identificación de ARNS no codificantes de respuesta a cobre y antibióticos en enterococcus faecalis

Abstract

Enterococcus faecalis es una bacteria Gram positiva de gran interés debido a su capacidad intrínseca y adquirida de resistencia a antibióticos y antimicrobianos. Este microorganismo es responsable de brotes de infecciones nosocomiales en centros hospitalarios, produciendo complicaciones en pacientes difíciles de tratar. El control de esta bacteria es un desafío debido a las estrategias utilizadas para su supervivencia, pues se ha demostrado que posee mecanismos específicos que facilitan su resistencia a antibióticos y metales pesados con propiedades antimicrobianas como el cobre. En términos generales, se han descrito en bacterias diversos mecanismos involucrados en la resistencia a antimicrobianos, tales como factores de transcripción, proteínas, operones, ribointerruptores y recientemente, ARN no codificantes o ARNnc, moléculas capaces de regular a diferentes niveles, ya sea la expresión de genes o modificando interacciones moleculares de componentes de resistencia. En este trabajo, el objetivo principal fue identificar ARNnc diferencialmente expresados bajo la exposición a Cu y antibióticos en E. faecalis. Para esto, primero mediante un análisis in silico de datos masivos de RNA-seq, se identificó, clasificó y seleccionó un conjunto de 586 ARNnc candidatos. En base a diferentes criterios de conservación y función regulatoria, dos de ellos nc3340 y nc3683 mostraron estar presentes en los tres datos de RNA-seq estudiados, con una abundancia transcripcional mayor con respecto a un estado basal de crecimiento en al menos dos condiciones, y cuyas secuencias poseían blancos de regulación codificantes para proteínas hipotéticas. En base a este análisis, ambos finalmente fueron seleccionados para su validación por RT-qPCR. Interesantemente, los ARNnc respondieron transcripcionalmente en E. faecalis frente a la adición de vancomicina, ceftriaxona y cobre, evidenciando cambios de abundancia a nivel transcripcional de ARNnc frente a la exposición de estos estresores. Estos ARNnc podrían a futuro ser blancos de estudio para el diseño de nuevos fármacos y estrategias biotecnológicas para el control de la bacteria patógena E. faecalis.