The insulator activity of tRNA-V SINEs and its implications in the transcriptional regulation of hypoxic response in zebrafish

Abstract

Los elementos transponibles (ETs) son uno de los componentes más abundantes en la cromatina. A pesar de esto, su participación como factores estructurales en la organización del genoma es una materia que no ha sido estudiada a cabalidad. En este trabajo hemos usado una aproximación fundamentada en el análisis masivo de datos para predecir ETs que potencialmente participen en el establecimiento de estructuras aisladoras en el genoma de pez cebra. Nuestros resultados apuntan a retrotransposones de la superfamilia tRNA-V como ampliamente distribuidos y potencialmente capaces de actuar como aisladores en múltiples loci. Más aún, identificamos genes ubicados cerca de elementos tRNA-V, los cuales son diferencialmente expresados durante estrés hipóxico. Esto sugiere que elementos tRNA-V podrían estar involucrados en la regulación transcripcional de la respuesta a estrés hipóxico.

Transposable elements (TEs) are a major component of chromatin. Despite this, the implications of TEs as structural players in the organization of the genome is a subject that remains poorly understood. In this work, we have used a data-drive approach to address whether SINEs participate in the establishment of insulator structures in the genome of zebrafish. Our results point to tRNA-V retrotransposons as a widespread superfamily potentially acting as insulators at multiple loci. Furthermore, we identified genes located in close proximity to tRNA-V elements, which are differentially expressed during hypoxic stress, suggesting that they may be involved in the transcriptional regulation of gene expression upon hypoxic stress.