Reconstrucción de genomas de bacterias del suelo mediante análisis de cambios de abundancia entre dos condiciones de Ph para evidenciar mecanismos de adaptación a Ph taxa-específicos

Abstract

El desarrollo actual permite enfrentar de forma mas sencilla la descripción de vínculos entre las propiedades generales de una comunidad bacteriana compleja y las características de su ambiente. El paso siguiente debiera ser el determinar cual es la contribuci6n relativa de los miembros a la funci6n global de la comunidad. Una forma de acercarse a este objetivo es lograr una descripcion mas detallada de la comunidad, por ejemplo, mediante la descripción de miembros de la comunidad, permitiendo distinguir capacidades taxa-especificas que se relacionen de forma directa con propiedades del ambiente. Para abordar este desafío realizamos una caracterizacion fisicoquímica y taxon6mica de la comunidad bacteriana de suelo de 3 sitios cercanos del altiplano del Desierto de Atacama que presentan diferencias significativas en su nivel de pH. Luego utilizamos y perfeccionamos diferentes m6todos bioinformáticos a fin de recuperar genomas individuales desde cada metagenoma para finalmente evaluar la existencia de sesgo en sus capacidades metabólicas en relaci6n a mecanismos de homeostasis de pH. Como resultado logramos reconstruir 74 genomas de suelo en calidad borrador: 14 de sitio acido ®H 5,88), 39 de sitio neutro ®H 7,48) y 21 de sitio alcalino ®H 8,51). AI comparar sus capacidades funcionales es posible distinguir diferencias significativas en categorías asociadas de forma directa o indirecta a mecanismos de homeostasis de pH. Nuestro trabajo revela que el ambiente ejerce una selecci6n sobre los componentes genomicos de estas comunidades bacterianas. Estos nuevos m6todos nos ayudaran a entender los procesos que dirigen la adaptaci6n de organismos a ambientes extremos.