Posición filogenética de Passiflora pinnatistipula Cav. (Passifloraceae) nativa de Chile central

Abstract

En esta memoria se tuvo como objetivo determinar la posición filogenética de la especie nativa de Chile Passiflora pinnatistipula a partir de ADN, además de corroborar la conespecificidad de poblaciones chilenas de esta especie con un ejemplar de Bolivia. Para ello, se realizó un análisis filogenético de cuatro muestras de Passiflora pinnatistipula colectadas entre la IV región de Coquimbo y V región de Valparaíso. Para determinar la posición filogenética de estas muestras, se extrajo el ADN y se amplificaron por PCR los marcadores del cloroplasto trnL-F, ncpGS y ndhF y el marcador nuclear ITS. Los productos de PCR fueron secuenciados en el laboratorio de Secuenciación de la Pontificia Universidad Católica de Chile. Posteriormente, las secuencias fueron procesadas en el programa Geneious Prime para ser alineadas junto con las secuencias obtenidas de GenBank de las especies del género Passiflora. Finalmente, se obtuvieron los árboles filogenéticos mediante el método de maximum likelihood con RAxML y fueron editados en FigTree v1.4.4 y PowerPoint. Los soportes de los nodos se obtuvieron mediante el método de bootstrapping. Pese a que las amplificaciones por PCR fueron exitosas, no se obtuvieron secuencias inutilizables para los marcadores ncpGS y ndhF y sólo se utilizaron los resultados obtenidos para ITS y trnL-F. Se realizaron filogenias por separado para ambos marcadores, obteniendo resolución suficiente sólo con ITS. Del árbol filogenético de ITS se obtuvieron tres clados con boostrap sobre el 90% y uno con boostrap del 85%, los cuales contenían las muestras estudiadas más Passiflora pinnatistipula de Bolivia, Passiflora mandonii, Passiflora pilosicorona y Passiflora insignis. A pesar de que las muestras de Passiflora pinnatistipula de Chile se encuentran en el mismo clado que la muestra de Bolivia, el análisis no tuvo la resolución suficiente como para determinar si esta especie es la misma descrita para Bolivia. Se recomienda realizar nuevamente el proceso para agregar los marcadores que no pudieron ser utilizados en este estudio.

In this study, the objective was to determine the phylogenetic position of the native Chilean species Passiflora pinnatistipula based on DNA, as well as to confirm the conspecificity of Chilean populations of this species with a specimen from Bolivia. To achieve this, a phylogenetic analysis was conducted on four samples of Passiflora pinnatistipula collected between the IV Coquimbo Region and V Valparaíso Region. To determine the phylogenetic position of these samples, DNA was extracted, and chloroplast markers trnL-F, ncpGS, and ndhF, as well as the nuclear marker ITS, were PCR-amplified. The PCR products were sequenced at the Sequencing Laboratory of the Catholic University of Chile. Subsequently, the sequences were processed in the Geneious Prime program, aligned with markers obtained from GenBank for Passiflora genus species. Finally, phylogenetic trees were constructed using the maximum likelihood method with RaxML and edited using FigTree v1.4.4 and PowerPoint. Node supports were obtained through bootstrapping. Although PCR amplifications were successful, usable sequences were not obtained for ncpGS and ndhF markers, and only the results for ITS and trnL-F were utilized. Separate phylogenies were constructed for both markers, with resolution achieved only for ITS. From the ITS phylogenetic tree, three clades with bootstrap support over 90% and one with 85% bootstrap were obtained. These clades included the studied samples along with Passiflora pinnatistipula from Bolivia, Passiflora mandonii, Passiflora pilosicorona, and Passiflora insignis. Despite Chilean Passiflora pinnatistipula samples being in the same clade as the Bolivian sample, the analysis did not have sufficient resolution to determine if this species is the same as described for Bolivia. It is recommended to repeat the process, adding the markers that could not be used in this study.