Búsqueda de SNPs provenientes de regiones duplicadas en el genoma de un único individuo de salmón del atlántico (salmo salar)

Abstract

EI genoma del salmón acumula cuatro rondas de duplicación genomica en su historia evolutiva: un evento especifico de salmones, otro especifico del Linaje de los teleosteos y dos rondas ocurridas en vertebrados hace 600 MVA (Hipotesis 2P). La busqueda de marcadores en esta especie es necesaria para realizar estudios evolutivos, de mapeo o de asociación a genes de interés, por lo que la presencia de regiones duplicadas impone un problema al momento de establecer el origen de estos marcadores. En el presente estudio se implement6 una estrategia bioinformatica donde 217 000 secuencias genómicas provenientes de un único individuo fueron ensambladas y analizadas en busca de SNPs. Se encontraron 4 900 SNPs distribuidos en 1350 contigs de un total de 25 000. Luego, se filtro un 32°/o de secuencia repetitiva para descartar los polimorfismos presentes en estos elementos llegando a un set final aproximado de 2800 SNPs en 950 contigs.