Circulación de enterovirus D-68 y sus características filogenéticas en Chile

Abstract

Los virus respiratorios son la principal causa de infección respiratoria aguda en pediatría. Dentro de los agentes virales aislados en los cuadros respiratorios se encuentran los enterovirus, de los cuales se conoce poco sobre su prevalencia y rol en las infecciones respiratorias. El enterovirus D68 (EV-D68), virus RNA de la familia Picornaviridae, es un virus re-emergente que causa infección respiratoria aguda y se ha asociado con casos de bronquiolitis y neumonía principalmente en niños, y actualmente también se asocia a complicaciones neurológicas como Parálisis Flácida Aguda (PFA) (Ayscue, 2014) En otoño de 2014 ocurrió el mayor brote por EV-D68 con 2287 casos repartidos prácticamente por todo el mundo. En nuestro país, no se han publicado estudios de detección sistemática de este virus en muestras respiratorias. El objetivo de este estudio transversal fue identificar y caracterizar la circulación de EV-D68 en Chile. Se incorporaron al estudio 1966 muestras respiratorias obtenidas entre los años 2014-2016 ingresadas bajo el programa nacional de vigilancia de infecciones respiratoria aguda grave (IRAG) en el Instituto de Salud Pública de Chile, todas negativas para virus Influenza. En todas las muestras se analizaron: virus respiratorio sincicial, metapneumovirus, parainfluenza (1, 2 y 3), adenovirus, rinovirus, bocavirus, coronavirus (OC43 y NL63) y EV-D68, mediante PCR en tiempo real con transcripción reversa en los casos de virus RNA, utilizando sondas TaqMan y protocolos establecidos por el Centro para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC). Se identificaron 15 muestras positivas (0,76%) para EVD68: 13 eran muestras obtenidas el 2014, una era del 2015 y la última del 2016. Los genotipos circulantes se determinaron mediante la secuenciación del gen VP1, que codifica para una proteína estructural de la cápside viral y le otorga sitios de antigenicidad a la partícula viral. Filogenéticamente se estableció que 14 muestras pertenecían al subclado B1, mientras que la muestra positiva del año 2016, pertenecía al subclado B3. Estos resultados se condicen con los clados que circularon entre el 2014 y 2015 pertenecientes al subclado B1. El subclado B3 se detectó solo en 4 países además del nuestro (EE.UU, Holanda, Dinamarca y Suecia). Es importante dar a conocer en detalle la distribución en el tiempo y epidemiología de este nuevo virus emergente por las complicaciones secundarias durante el desarrollo del cuadro clínico, ya sea a nivel neurológico como respiratorio, y ver el impacto en salud pública en nuestro país. En conclusión, Enterovirus D-68 circula en niños y adultos con cuadros respiratorios agudos graves en nuestro país, en forma esporádica y en brote, y en frecuente coinfección con otros virus respiratorios. La baja detección (0.76%) no justifica una vigilancia activa de este virus respiratorio.

Respiratory viruses are the main cause of acute respiratory infection in pediatrics. Among the viral agents isolated in the respiratory tract are the Enteroviruses, of which little is known about their prevalence and role in infections. Enterovirus D68 (EV-D68) is a re-emerging virus that may cause acute respiratory infections and has been associated with cases of bronchiolitis and pneumonia mainly in children, and is also being currently associated with neurological complications such as acute flaccid paralysis (AFP). In the autumn of 2014, the largest outbreak of EVD68 was recorded with about 2287 cases that spread around the world. In our country, there have been no studies published on the systematic detection of this virus in respiratory samples. The aim of this cross-sectional study was to identify and characterize the circulation of EV-D68 in Chile. For that 1966 respiratory samples collected between 2014-2016 of patients admitted under the national surveillance program of severe acute respiratory infections (SARI) at the Institute of Public Health of Chile, were studied. All of them were negative for Influenza virus by RT-PCR. The samples were analyzed for respiratory syncytial virus, Metapneumovirus, Parainfluenza (1, 2 and 3), Adenovirus, Rhinovirus, Bocavirus, Coronavirus (OC43 and NL63) and EV-D68 by real-time PC,R with reverse transcription in the cases of RNA viruses, using TaqMan probes and protocols established by the Center for Disease Control and Prevention (CDC). A total of 15 positive samples (0.76%) for EV-D68 were identified, 13 samples from 2014, one from 2015 and one from 2016. To determine the circulating genotypes, the VP1 gene was sequenced. This gene codes for a structural protein of the viral capsid, which provides antigenicity sites to the viral particle. Through phylogenetic analysis, it was established that 14 samples belonged to subclade B1, while the positive sample from year 2016 belonged to subclade B3. These results are consistent with the clades that circulated between 2014 and 2015, subclade B1. Subclade B3 was detected in 4 countries besides ours in 2016 (USA, Holland, Denmark and Sweden). It is important to present in detail the distribution over time and the epidemiology of this emerging virus, due to the secondary complications during the development of the disease, either at the neurological or respiratory level and see its impact on public health in our country.