Aves migratorias : su rol en la introducción y presencia de influenza A y coronavirus aviar en la fauna Antártica chilena

Abstract

Diversos virus emergentes de orígenes zoonóticos han surgido este último tiempo. Dentro de los más importantes tenemos al virus Influenza A y diferentes coronavirus. Un reservorio para virus de estos géneros son las aves voladoras. A pesar que existen diversos estudios de vigilancia sobre estos virus, se posee poca información sobre su ecología en el continente antártico, lugar donde existe una fauna única en el mundo. Las aves migratorias poseen un rol fundamental en la introducción y presencia de estos virus. Postulamos que estas aves son posibles vectores para la diseminación viral entre el cono sur y el continente antártico. De esta forma, con el fin de diagnosticar posibles infecciones virales emergentes o reemergentes nos propusimos realizar un “screening” para Influenza A y coronavirus aviar en las 124 muestras ambientales obtenidas en el estudio de vigilancia realizado en 2020 durante la Expedición Antártica Chilena 57 (ECA57). De manera paralela se utilizó huevos embrionados de gallina con el fin de aislar estos virus y así poder caracterizar más adelante estos patógenos. Por otra parte, utilizando herramientas de NGS, se propuso realizar ensayos metagenómicos para determinar la diversidad viral, utilizando al migrador carroñero Chionis albus como hospedero. Nuestros resultados mostraron la posible presencia de Influenza A en dos muestras, sin embargo, ambas muestras no lograron ser adaptadas a huevo embrionado para su aislamiento. Además, nuestros resultados también indican la presencia de coronavirus aviar en el grupo 5, la cual logró ser adaptada a huevo embrionado. Por otra parte, a partir de los resultados de NGS, se obtuvieron 118 contigs asociados a especies virales ya descritas previamente en la naturaleza, indicando la riqueza y diversidad viral que poseen las muestras de un carroñero como Chionis albus. En conjunto, estos resultados sugieren que existe la presencia de Influenza A y coronavirus aviar dentro de las 124 muestras ambientales. Además, existe una diversidad viral importante dentro de la especie Chionis albus, la cual indica su rol como vector, reservorio y transportador de virus emergentes

Several emerging viruses of zoonotic origin have emerged recently. Among the most important are Influenza A virus and different coronaviruses. One reservoir for viruses of these genera is flying birds. Although there are several surveillance studies on the latter viruses, there is little information on their ecology on the Antarctic continent, where there is a unique fauna in the world. Migratory birds play a key role in the introduction and presence of these viruses. We postulate that these birds are possible vectors for viral dissemination between the southern cone and the Antarctic continent. Thus, in order to diagnose possible emerging or re-emerging viral infections, we set out a screening for Influenza A and avian coronavirus in 124 environmental samples obtained in the surveillance study carried out in 2020 during the Chilean Antarctic Expedition 57 (ECA57). In parallel, embryonated chicken eggs were used to isolate these viruses for further characterization of these pathogens. On the other hand, using NGS tools, we proposed to perform metagenomic assays to determine viral diversity, using the scavenging migrant Chionis albus as host. Our results showed the possible presence of Influenza A in two samples, where both positive samples failed to be adapted to embryonated egg for isolation. In addition, our results also indicate the presence of avian coronavirus in group 5, which could be adapted to embryonated egg. Moreover, from the NGS results, 118 contigs associated with viral species previously described in nature were obtained, indicating the richness and viral diversity of samples from a scavenger such as Chionis albus. Taken together, these results suggest the presence of Influenza A and avian coronavirus within the 124 environmental samples. In addition, there is significant viral diversity within the Chionis albus species, indicating its role as a vector, reservoir and transporter of emerging viruses