Variantes en los genes RECQL y MCPH1 y su asociación con el riesgo a desarrollar cáncer de mama hereditario en población chilena

Abstract

El cáncer de mama (CM) representa el 24,5% de los casos totales de cáncer y el 15,5% de las muertes por cáncer. En Chile, es la principal causa de muerte por cáncer en mujeres. La etiología exacta del CM es desconocida, aunque existen factores de riesgo como sexo, edad y predisposición genética. El 10% clasifica como CM hereditario (CMH). Se han estudiado genes de alta, moderada y baja penetrancia asociados a la susceptibilidad a CMH. Estudios en población chilena y latinoamericana son escasos. Entre los genes estudiados con baja penetrancia se encuentran RECQL, helicasa implicada en reparación de ADN y MCPH1 asociada a respuestas celulares al daño del ADN. El objetivo general fue determinar si variaciones en regiones específicas de los genes RECQL y MCPH1 en población chilena con CMH están asociadas a un mayor riesgo de desarrollar este cáncer. Se obtuvo ADN genómico de 200 casos de CMH chilenos caracterizados por edad, tipo histológico e historial familiar, y 250 controles. Se realizó la búsqueda de variantes (“screening”) dirigidas al exón 6 de RECQL y al exón 8 de MCPH1 mediante reacción en cadena de la polimerasa-“high resolution melting” (PCR-HRM). Se secuenciaron 9 casos y 6 controles con un perfil HRM característico. Se evaluaron frecuencias de variantes y haplotipos (utilizando MEGA y Chromas), y su asociación al riesgo de CM. Además se analizó in silico el posible impacto de las variantes en la estructura de la proteína. La edad promedio de casos y controles fue 45 y 56 años, respectivamente. El tipo histológico más común fue ductal infiltrante (61%). En RECQL, se encontró el mismo perfil HRM en todas las muestras. En MCPH1 se identificaron dos perfiles (A y B), representando el 71% y 29% de los casos CM, y el 72% y 28% de los controles, respectivamente. No hubo diferencias significativas entre casos y controles según el perfil HRM (p=0,8231). Tampoco se encontraron diferencias de los perfiles HRM según edad (p=0,2635), tipo histológico (p=0,5023) o presencia o ausencia de familiares con CM (p=0,1336). La secuenciación vinculó el perfil HRM B de MCPH1 con heterocigotos para 3 polimorfismos (c.863C>A, c.911G>T y c.940C>G). El análisis in silico de estas variantes indicó que afectarían la estructura, función y estabilidad de la proteína, aunque no hay datos descritos en CMH. En conclusión, no se detectaron variantes en las regiones investigadas de RECQL y MCPH1 que aumenten el riesgo de CM en la población chilena. Se requiere estudiar otros sectores en MCPH1 y RECQL para establecer la presencia de variantes asociadas con CMH.

Breast cancer (BC) accounts for 24.5% of total cancer cases and 15.5% of cancer deaths. In Chile, it is the leading cause of cancer death in women. The exact etiology of breast cancer is unknown, although there are risk factors such as sex, age and genetic predisposition. Ten percent are classified as hereditary breast cancer (HBC). Genes of high, moderate and low penetrance associated with susceptibility to HCM have been studied. Studies in Chilean and Latin American population are scarce. Among the genes studied with low penetrance are RECQL, helicase involved in DNA repair and MCPH1 associated with cellular responses to DNA damage. The overall objective was to determine whether variations in specific regions of the RECQL and MCPH1 genes in the Chilean population with HCM are associated with an increased risk of developing this cancer. Genomic DNA was obtained from 200 Chilean HBC cases characterized by age, histologic type and family history, and 250 controls. The screening for variants targeting exon 6 of RECQL and exon 8 of MCPH1 was performed by polymerase chain reaction-high resolution melting (PCR-HRM). Nine cases and six controls with a characteristic HRM profile were sequenced. Variant and haplotype frequencies (using MEGA and Chromas) and their association with CM risk were evaluated. In addition, the possible impact of variants on protein structure was analyzed in silico. The mean age of cases and controls was 45 and 56 years, respectively. The most common histologic type was infiltrating ductal (61%). In RECQL, the same HRM profile was found in all samples. In MCPH1, two profiles (A and B) were identified, representing 71% and 29% of CM cases, and 72% and 28% of controls, respectively. There were no significant differences between cases and controls according to HRM profile (p=0.8231). There were also no differences in HRM profiles according to age (p=0.2635), histological type (p=0.5023) or presence or absence of family members with CM (p=0.1336). Sequencing linked the HRM B profile of MCPH1 with heterozygotes for 3 polymorphisms (c.863C>A, c.911G>T and c.940C>G). In silico analysis of these variants indicated that they would affect the structure, function and stability of the protein, although there are no data described HBC. In conclusion, no variants were detected in the investigated regions of RECQL and MCPH1 that increase the risk of CM in the Chilean population. It is required to study other sectors in MCPH1 and RECQL to establish the presence of variants associated with HBC.