Caracterización de la microbiota intestinal de Seriola lalandi (Valenciennes, 1833) de medio silvestre: comparación de métodos tradicionales versus métodos moleculares de identificación

Abstract

El jurel cola amarilla (Seriola lalandi) se viene cultivando en chile, durante los últimos años, y su expansión se debe a la gran demanda en el mercado internacional. El mayor conocimiento científico - técnico ha sustentado su incremento en producción, convirtiéndose en una prominente especie para el desarrollo acuícola. Dentro de las áreas de estudio en acuicultura para el aumento en producción, la nutrición ha tenido un rol relevante, que debido a los tipos de dietas, uso de antibióticos, cambia el status sanitario del pez y la composición microbiana intestinal. Estos últimos son microorganismos asociados a la microbiota normal, que otorgan beneficios como proteger al pez de ataque de patógenos y ayudar en la digestión de los ingredientes incorporados en la dieta. Sin embargo, el conocimiento de la microbiota de esta especie es muy limitada, es por eso que el objetivo de este estudio fue caracterizar la microbiota intestinal de Seriola lalandi de medio silvestre. Se analizó la composición de la microbiota mediante dos estrategias complementarias en paralelo. La primera se basó en métodos tradicionales de aislamiento de microorganismos mediante cultivo. Como resultado se obtuvo un total de 69 aislados bacterianos y 15 de levaduras. La segunda estrategia se analizó la microbiota a través del DNA obtenido directamente de la muestra del contenido intestinal sin cultivar. La identificación de los componentes microbianos se realizó en ambas estrategias mediante la secuenciación de marcadores 16SrRNA (bacterias) o ITS (levaduras), según corresponda. Posterior a la secuenciación, se determinaron los perfiles de RFLP de 16SrRNA e ITS para cada aislado, según sea el caso. En paralelo, para la composición de la microbiota se generaron perfiles totales de RFLP de los amplicones derivados del DNA de la muestra. Luego, se compararon los perfiles RFLP de ambas métodos. Del método tradicional se detectó la presencia de 20 géneros bacterianos y 1 género de levaduras. En contraste, la estrategia molecular se evidenció la presencia de 4 géneros bacterianos. Del análisis de la microbiota intestinal de Seriola lalandi de medio silvestre, mediante método tradicional se determinó que de los 69 aislados bacterianos, se obtuvo entre los más abundantes con el 20% al género Leucobacter, 13% de Alcaligenes, 9% de Psychrobacter, 9% Marinobacter, 7% Halomonas, 7% Staphylococcus y 6% Bacillus. Por otra parte, en levaduras de los 15 aislados, se obtuvo un único género representativo, Debaryomyces. Mientras que mediante análisis por método molecular de identificación los géneros más abundantes para los 8 perfiles obtenidos fueron Marinobacter con el 50%, Proteus con el 12.5%, Halomonas y Staphylococcus con 12.5%. Se determinó que los géneros Marinobacter, Halomonas, Staphylococcus y Proteus identificados por métodos tradicionales de cultivo, se confirmaron en los perfiles de la microbiota derivados de métodos moleculares. Donde Marinobacter presentó el 50% de abundancia relativa mediante método molecular a diferencia del método tradicional donde este género sólo obtuvo el 7% de abundancia relativa.

Yellowtail amberjack (Seriola lalandi) as been grown in Chile, in recent years, and its expansion is due to the high demand in the international market. The greatest scientific and technical knowledge has underpinned its increased production, becoming a prominent species for aquaculture development. Among the areas of study in aquaculture for increased production, nutrition has played an important role, which because of the types of diets, antibiotics, changes the health status of the fish and the intestinal microbial composition. The latter are microorganisms associated with the normal microbiota, which provide benefits such as protecting the fish pathogen attack and aid in digestion of the ingredients in the diet. However, knowledge of the microbiota of this species is very limited, which is why the aim of this study was to characterize the intestinal microbiota of wild yellowtail amberjack. the composition of the microbiota is analyzed by two complementary strategies in parallel. The first was based on traditional methods of isolation of microorganisms by cultivation. As a result was obtained a total of 69 bacterial and 15 yeast isolates. The second strategy microbiota was analyzed through DNA sample obtained directly from the intestinal contents uncultivated. Identifying microbial components was performed on both strategies by 16SrRNA sequencing markers (bacteria) or ITS (yeast), as appropriate. Following sequencing, were determined RFLP profiles of 16SrRNA and ITS for each isolate, as appropriate. In parallel, for the total microbiota composition were generated RFLP profiles of amplicons derived from DNA sample. Later, the RFLP profiles of both methods were compared. From traditional method was detected the presence of 20 bacterial genera and 1 genus of yeasts. In contrast, the molecular strategy evidenced of 4 bacterial genera. Analysis of intestinal microbiota of wild yellowtail amberjack, using traditional method was determined that of the 69 bacterial isolates was obtained among the most abundant with 20% Leucobacter genus, 13% of Alcaligenes, 9% Psychrobacter, 9% Marinobacter and 29% other genus. Moreover, in yeasts of the 15 isolates, was obtained a single representative genus Debaryomyces. While by molecular identificaion method of the most abundant genera for the 8 profiles obtained were Marinobacter with 50%, with 12.5% Proteus, Staphylococcus and Halomonas with 12.5%. It was determined that gender Marinobacter, Halomonas, Staphylococcus and Proteus identified by traditional farming methods, were confirmed in the microbiota profiles derived from molecular methods. Marinobacter presented where 50% of relative abundance by molecular method unlike the traditional method where the genre got only 7% of relative abundance.