Desarrollo de un método de detección sensible y específico de Pseudomonas syringae pv. syringae y Pseudomonas syringae pv. morsprunorum en cerezos

Abstract

Las bacterias Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) y Pseudomonas syringae pv. morsprunorum (Psm) afectan al cerezo, especialmente a plantas jóvenes, y causan pérdidas económicas importantes a nivel mundial. Para contrarrestar esta situación, una de las medidas es poder contar con herramientas sensibles y específicas que permitan realizar una identificación rápida. Este trabajo tiene como objetivo desarrollar un protocolo de detección basado en la técnica molecular denominada Loop-mediated isothermal amplification (LAMP). A partir de la secuencia del genoma de aislados bacterianos obtenidos de material vegetal de cerezo sintomático, colectados en cuatro regiones del país, en conjunto con secuencias disponibles de Genbank, se identificaron regiones genómicas únicas para cada una de las bacterias, las que se utilizaron para el diseño de partidores específicos para LAMP. Éstos se validaron utilizando aislados purificados de diferentes Pseudomonas, incluidos Pss y Psm, determinando la sensibilidad y especificidad de la técnica. Se completó la validación detectando las bacterias directamente en material vegetal, sin previa purificación de los aislados. En conclusión, el protocolo LAMP desarrollado en este proyecto permite la identificación sensible y específica de Pss y Psm.

Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss) and Pseudomonas syringae pv. morsprunorum (Psm) cause disease on cherry trees, particularly in young plants, and are responsible of significant economic losses worldwide. To face this situation, is necessary to develop sensitive and specific tools that allow a rapid identification in the field. This project aims to develop a detection protocol based on the molecular identification technique called Loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Using the genome sequence of bacterial isolates obtained from symptomatic cherry trees collected in four regions of the country, combined with sequences available from Genbank, unique genomic regions were identified for each of the bacteria, which were used for the design of specific primers for LAMP. These were validated using purified isolates of different Pseudomonas, including Pss and Psm, to determine sensitivity and specificity of the technique. The validation was completed by detecting bacteria directly on plant material, without prior purification of the isolates. In conclusion, the LAMP protocol developed in this project allows the sensitive and specific identification of Pss and Psm.