Metilación de histonas y fisura labio-palatina: asociación e interacción de variantes genéticas

Abstract

Las fisuras labio/palatinas (FL/P) son malformaciones congénitas que afectan la morfología facial y oral, debido a una alteración de estructuras anatómicas durante la embriogénesis entre las semanas 4 y 12. Se clasifican en sindrómicas (FL/PS) y no sindrómicas (FL/PNS), siendo estas últimas de etiología compleja y multifactorial, involucrando factores genéticos, ambientales y epigenéticos. Este estudio evaluó la asociación entre variantes polimórficas de genes codificantes de enzimas involucradas en la metilación y demetilación de histonas (EZH2, KDM1A, KDM6A, KDM6B, KMT2D, MECOM, PHF8, PRDM16, PRMT1, SETDB1, WHSC1) y el riesgo de FL/PNS en población chilena. La hipótesis planteó que variantes de estos genes representan elementos de riesgo para la aparición de fisuras labio/palatinas no sindrómicas. La metodología incluyó 249 casos con FL/PNS y 479 controles, todos no emparentados. Se realizó genotipificación mediante Infinium Global Screening Array-24 BeadChip, seleccionando SNPs missense con frecuencia alélica >0,05 y aplicando análisis de regresión logística bajo modelos aditivo, dominante y recesivo. Se evaluaron interacciones mediante el método de Reducción de Dimensionalidad Multifactorial (MDR). Los resultados identificaron tres variantes missense que cumplieron los criterios de selección: rs2493292 (PRDM16), rs7622799 (MECOM) y rs2230018 (KDM6A). El análisis de asociación mostró resultados significativos para dos variantes bajo el modelo aditivo: rs7622799 (OR 1,329; IC 95% 1,052-1,677; p-value corregido = 0,0255) y rs2230018 (OR 1,762; IC 95% 1,106-2,807; p-value corregido = 0,0255). Bajo el modelo recesivo, las asociaciones fueron más significativas rs7622799 (OR 1,647; IC 95% 1,057- 2,566; p-value corregido 0,0041) y rs2230018 (OR 9,472; IC 95% 2,600-51,738; p-value corregido 0,0003). El análisis de interacción de estas variantes no mostró significancia global, pero combinaciones genotípicas específicas fueron más frecuentes en casos que controles. Por su parte, el análisis de interacción estratificado por sexo reveló significancia estadística (p = 0,0050), con ciertas combinaciones presentes exclusivamente en mujeres o varones, indicando que el sexo actúa como modificador biológico. Como conclusión, podemos decir que existe asociación significativa e interacción entre variantes de MECOM y KDM6A y el riesgo de FL/PNS en población chilena, especialmente bajo el modelo recesivo. Estas variantes se localizan en dominios funcionales relevantes, sugiriendo posible impacto estructural. Nuestros hallazgos refuerzan que la regulación epigenética juega un rol clave en la etiología de FL/PNS y resaltan la importancia de estudiar interacciones genéticas y efectos específicos por sexo. Este estudio establece una base para futuras investigaciones confirmando el rol funcional de estas variantes y su relación con los mecanismos causales de este fenotipo.