Variaciones genéticas en el transcriptoma de genes alterados en una serie de casos de displasia epitelial oral y carcinoma oral de células escamosas

Abstract

Introducción: El carcinoma oral de células escamosas (COCE) es una neoplasia maligna con altas tasas de recurrencia local y metástasis. A pesar de los avances en investigación y terapia, la supervivencia no ha mejorado en los últimos años. Generalmente viene precedido de desórdenes potencialmente malignos orales (DPMO) los cuales tienen una amplia gama de características clínicas. Uno de los principales factores involucrados en la progresión de DPMO a cáncer es la presencia de displasia epitelial oral (DPO). La secuenciación de nueva generación (NGS) se ha desarrollado como una nueva herramienta de diagnóstico para dilucidar la genética del cáncer, ayudando en el diagnóstico temprano y encontrar nuevos enfoques de tratamiento. El estudio busca describir y comparar las variaciones de la secuencia de ARN de las muestras de pacientes diagnosticados con DEO y COCE. Materiales y métodos: Se realizó secuenciación del transcriptoma a través de NGS, de pools de muestras de displasia epitelial oral (DEO) y COCE. Posteriormente se realizó el análisis de las variaciones estructurales encontradas en el transcriptoma de muestras de DEO y COCE, clasificación funcional de las vías de señalización más enriquecidas e identificación de blancos terapéuticos. Resultados y discusión: Gran parte de las variantes estructurales identificadas fueron polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), estas desempeñan un papel importante en el desarrollo de enfermedades complejas y multifactoriales, incluido el cáncer. Según el efecto en el marco de lectura, la mutación con cambio sentido (missense mutation) fue la más frecuente. Esta vuelve a las proteínas no funcionales proporcionando una ventaja de crecimiento selectivo a las células cancerosas. Se encontraron genes desregulados tanto en DEO como en COCE, entre ambos un total de 35 genes mutados que albergaban 148 variantes estructurales. Las vías de señalización más enriquecidas en DEO fueron la vía Hippo, NOTCH, y TGF-beta, en COCE fueron la vía NGR2, TGF-beta y PI3K, donde todas están relacionadas con procesos cancerígenos. Se propone a los genes CMYA5 y KMT2C como posibles blancos terapéuticos. Conclusión: Mediante NGS se logró determinar y describir a las variantes estructurales presentes en DEO y COCE, se describen 35 genes y 148 variantes estructurales, siendo un aporte al conocimiento de la genética de DEO y COCE.