Asociación entre variantes genéticas en islas cpg y la fisura labiopalatina no sindrómica en la población chilena

Abstract

Introducción: La metilación del ADN es fundamental para el desarrollo embrionario, especialmente en la formación craneofacial. Alteraciones en este proceso, particularmente en islas CpG, se han relacionado con fisuras labio/palatinas no sindrómicas (FL/PNS). Este estudio tiene como objetivo evaluar la relación entre variantes polimórficas (SNPs) en islas CpG de genes asociados con FL/PNS y este fenotipo en la población chilena. Metodología: Se empleó un diseño de casos y controles con 250 casos de FL/PNS y 450 controles, todos ellos chilenos, pareados por sexo. Se seleccionaron genes asociados al fenotipo de FL/PNS y con ayuda de la herramienta UCSC Genome Browser, se detectó la presencia de Islas CpG y SNPs presentes en ellas. Los datos genotípicos fueron obtenidos mediante el Array Infinium Global Screening Array-24 BeadChip (Illumina). La asociación entre los SNPs seleccionados y la FL/PNS se evaluó mediante odds ratio, considerando el sexo de los sujetos. Finalmente, se utilizaron las bases de datos GTEx y RegulomeDB para evaluar el potencial efecto sobre la expresión génica de los SNPs asociados al fenotipo. Resultados: A partir de 13 genes, se detectaron islas CpG río arriba en 11 de ellos. En 10 de estos se localizaron SNPs, obteniendo un total de 126 variantes. Sin embargo, sólo tres de ellas estaban presentes en los datos del Array. Sólo se observó una asociación significativa entre el alelo menor del SNP rs1233556 en el gen SHH y la FL/PNS en varones, sugiriendo un posible efecto protector en los hombres portadores de este alelo. No se encontraron asociaciones significativas en el análisis general entre los genes candidatos y el fenotipo de FL/PNS. Los resultados de GTEx y RegulomeDB no fueron concluyentes. Conclusiones: El SNPs 1233556 en la isla CpG del gen SHH podría jugar un papel importante en la expresión del fenotipo FL/PNS en la población chilena, particularmente en varones. Sin embargo, no existe clara evidencia del rol de esta variante en la expresión de SHH, lo que resalta la necesidad de realizar más estudios funcionales para verificar su impacto en la expresión génica y su potencial asociación con la FL/PNS.